Садржај
Када је у питању мерење дужине фрагмената ДНК, који су много мањи од ћелија, микробиолозима је потребан трик, а најпогоднији је гел електрофореза. Ова метода се ослања на чињеницу да су фрагменти ДНК набијени, и то је алтернатива скупљим методама, попут кристалнографије рендгенских зрака, која је била одговорна за откривање структуре двоструке спиралне ДНК.
Како делује електрофореза гела
Пошто су молекули ДНК набијене, на њих утиче електрична струја. Када их поставите у неутрални гел и поставите струју преко гела, молекули мигрирају према позитивној електроди (аноди). Будући да молекули ДНК различитих величина носе исти набој, мањи путују брже, тако да овај процес раздваја молекуле у траке које се могу упоредити са узорцима познатих величина.
Основни поступак електрофорезе
Гел се обично прави од агарозе, полисахарида који када се загрева у пуферу формира получврсти, благо порозни гел. На једном крају, гел формира сићушне удубине назване бунарима у које истраживач поставља узорке ДНК који се проучавају, заједно са референтним узорцима познате дужине, који се називају ДНК мердевинама. Дужине фрагмената мердевина унапред су одређене другом методом, као што је рендгенска кристалографија.
Када је гел уроњен у проводни раствор и примењује се напон, фрагменти почињу мигрирати кроз гел - први су мањи, а они већи, спорији иза. Они се на крају формирају у спектар попут спектра према величини.
Једном када се то догоди, истраживач искључује струју, наноси гел бојом за везање ДВА и узорке испитује под ултраљубичастом светлошћу. Користећи мердевине као референцу, истраживач може утврдити величину сваког од фрагмената у видљивом појасу. Видљиви су само појасеви - појединачни фрагменти ДНК су премали да би се видели.
Одређивање дужина непознатих фрагмената
Вероватно да није сваки бенд у узорку пар с траком на лествици, па да би одредили величину тих непознатих фрагмената, научници обично цртају граф. На к-оси је раздаљина коју сваки пређе у мердевинама пређе у милиметрима, док је на оси и величина сваког опсега. Када су тачке повезане кривуљом, величина било ког појаса може се екстраполирати из кривуље након мерења удаљености коју је тај појас прешао у милиметрима.