Садржај
Обично сваки молекул ДНК унутар ваших ћелија садржи две нити повезане у интеракције које се називају водоничне везе. Промена услова, међутим, може „денатурирати“ ДНК и узроковати одвајање ових нити. Додавање јаких база, попут НаОХ, драматично повећава пХ, смањујући на тај начин концентрацију хидроген јона у раствору и денатурирање дволанчане ДНК.
Утицај пХ
Концентрација хидроксидних јона и пХ имају директну корелацију, што значи да је већи пХ, већа је концентрација хидроксида. Исто тако, нижа концентрација водоничних јона опада. Тада је код високог пХ раствор богат хидроксидним јонима и ови негативно наелектрисани јони могу да повуку јоне водоника из молекула попут базних парова у ДНК. Овим поступком се прекида везивање водоника који држи два ланца ДНК, узрокујући њихово раздвајање.
РНА вс. ДНК
За разлику од РНК, у ДНК недостаје хидроксилна група на 2 позицији у свакој шећерној групи. Ова разлика чини ДНК много стабилнијим у алкалном раствору. У РНА, хидроксилна група на положају 2 може дати водоник јона раствору при високом пХ, стварајући високо реактиван алкоксидни јон који напада фосфатну групу која држи два суседна нуклеотида заједно. ДНК не трпи ову ману и због тога ужива изузетну стабилност при високом пХ.
Алкална лиза
Молекуларни биолози често користе алкалну денатурацију за изолацију плазмидне ДНК из бактерија. Плазмиди су мале петље ДНК одвојене од бактеријског хромозома. У минипрепу за алкалну лизу, биолози додају детерџент и натријум хидроксид бактеријама суспендованим у раствору. Детерџент раствара бактеријску ћелијску мембрану, док натријум хидроксид повећава пХ и раствор чини високо алкалним. Како разбијене ћелије ослобађају свој садржај, ДНК изнутра се одваја на своје састојке или денатура.
Реаннеалинг
Једном када биолог извуче ДНК из ћелије, додаје још један реагенс за враћање раствора у неутралнији пХ и талог детерџента. Промјена пХ омогућава да се плазмидни ланци поново оживе; Међутим, гломазни хромозом не може учинити исто, па га биолог може уклонити заједно са детерџентом, денатурираним протеинима и другим разним смећем, а плазмид оставља иза. Алкална лиза не чисти у потпуности плазмидну ДНК; радије служи као "брз и прљав" начин за вађење из ћелије и уклањање већине других загађивача.