Садржај
Гел електрофореза је техника која омогућава анализу ДНК на нивоу његових саставних молекула. Код ове методе визуелизације ДНК, узорци се постављају на медијум агарозе гела и електрично поље се примењује на гел. То узрокује да фрагменти ДНК мигрирају кроз гел различитим брзинама у складу са њиховим електрохемијским својствима.
Етхидиум Бромиде
За ову технику визуелизације, етидијев бромид се меша са агарозним прахом, ЕДТА пуфером и водом да се формира матрикс гела пре електрофорезе. Као резултат тога, молекули етидијум-бромида постају равномерно дисперговани по матрици. Једном када се гелерски отвори напуне одговарајућим ДНК узорцима и праћеним бојама, напон се примењује да би се полако извлачила велика, поларна једињења преко матрице.
Током овог кретања, базе ДНК молекула привремено се вежу за честице захваљујући наелектродијум бромиду, вукући их дуж себе. По завршетку електрофорезе гела сваки молекул ДНК је покупио значајну количину етидијевог бромида.
У присуству ултраљубичастог светла, етидијев бромид показује флуоресценцију. Техничари сијају специјално калибрирану УВ светлост преко гела док машина снима слику ужарених фрагмената.
Метилен плаво
Ако УВ трансиллуминатор није доступан или је практичан, техничари могу учинити да ДНК буде видљив у нормалним условима натапањем готовог гела од агарозе, електрофорезованом ДНК унутар, у раствор метилен плаве боје преко ноћи.
Хлоридна со са значајно хидрофобним анионом, молекули метилен плаве боје продиру у целокупну матрицу гела. Међутим, везивање водоника у целој ДНК узрокује накупљање молекула мрље. Ова повећана густина флека ДНК даје дубљу нијансу плаве боје, видљиву голим оком.
Праћење боја
Поред релативне величине ДНК опсега, техничари могу измерити апсолутну величину (у паровима база) сваког фрагмента помоћу хемијских супстанци које се називају бојом за праћење. Видљиво без додавања метилен плаве боје или етидијевог бромида, боје за праћење, попут бромофенол плаве боје и ксилен цијанола, крећу се преко матрица арагозних гела током електрофорезе истом брзином као и фрагменти ДНК који се састоје од 300 нуклеотида, односно 4.000 нуклеотида. У електрофорези, масивнији фрагменти ДНК путују преко гел матрице споријом брзином од мањих фрагмената. Стога, док праћење боја не утиче директно на видљивост ДНК фрагмената, упоређивање положаја ДНК фрагмента у гелу са положајем тих боја омогућава техничарима да "виде" приближан број нуклеотида које фрагмент ДНК садржи.