Према веб страници Универзитета Висцонсинс БиоВеб, ПЦР прајмер је кратак, синтетички олигонуклеотид (обично дуг између 18 до 25 база) који се користи за амплификацију одређених подручја ДНК у техници молекуларне биологије познате као полимеразна ланчана реакција (ПЦР). Потребан је и предњи и обрнути прајмер, дизајниран тако да обрне комплементе ДНК ланца, да би се покренуо и везао за жељену регију ДНК. Када научници желе да врше истраживање на одређеном гену или региону ДНК, прво морају да изврше ПЦР да би стекли довољно циљне регије са којом раде. Дизајнирање правих секвенци за регију која вас занима може бити неопходно ако већ нису доступни путем претходно објављених истраживања или комерцијалним средствима.
Добијте нуклеотидну секвенцу гена или ДНК регије која вас занима и одлучите колико дуго ће фрагмент који желите да појачате. Предњи и обрнути темељни премаз дизајниран је тако да се веже на почетку и на крају жељеног фрагмента. Уобичајено, ПЦР методе користе прајмере који покривају подручје између 100 до 1.000 база парова, док ПЦР методе у стварном времену користе фрагменте дуге око 50 до 200 парова база.
Одлучите где у низу желите да слојеви примера леже. На пример, можда желите локацију близу 5 или 3 краја секвенце или у средини. По жељи одредите локацију прајмера који ће обухватати Интрон.
Придржавајте се препоручених смерница за дизајн прајмера. Успешно амплификација производа ДНК зависи од квалитета прајмера, а неке променљиве су критичне.
Дизајнирајте прајмере у дужини од 18 до 24 базе. Винцент Р. Презиосо, из компаније Бринкманн Инструментс Инц., сугерише да је та дужина довољно дугачка да буде изузетно специфична за жељену регију ДНК, али довољно кратка да се лако веже (аннеал). Температура топљења прајмера (Тм) треба да буде између 55 и 80 степени Целзијуса, довољно ниска да се омогући потпуно топљење на или изнад 90 степени Целзијуса, али довољно висока да се омогући жарење. Садржај ГЦ (проценат Гс и Цс у низу) треба да буде између 40 и 60 процената. 3 краја секвенце прајмера треба да заврши са Ц или Г (званом ГЦ стезаљка) да би се поспешило везивање, пошто нуклеотиди Г и Ц имају јаче везе, међутим, избегавајте да у последњих пет база постоје три или више Гс или Цс секвенце.
Избегавајте понављање четири или више од једне базе (попут АЦЦЦЦ ...) или четири или више понављања ди-нуклеотида (попут АТАТАТАТ-а ...), јер могу изазвати погрешно штампање.Дизајнирајте темељне премазе без хомологије унутар прајмера (више од три базе које се надопуњују унутар самог прајмера) или хомологије међу прајмером (где предњи и реверзни прајмер имају комплементарне секвенце). Ово може изазвати само-димере или пра-димере, где се прајмери вежу за себе уместо да се везују за жељену секвенцу ДНК.
Користите мрежне ресурсе и веб странице које помажу у дизајнирању прајмера или помажу у провери секвенце темељних премаза ради самокомплементарности или потенцијала за прављење секундарних структура попут укосница. Неке веб локације за дизајн прајмери укључују Массацхусеттс Институте оф Тецхнологиес Пример3, Национални центар за биотехнолошке информације Пример-Бласт и Интеграго ДНА технологија ОлигоАнализер.