Садржај
- Етилендиаминтетраацетат за прочишћавање ДНК
- Магнеисум хлорид за појачавање ДНК
- Етхидиум Бромиде за бојење ДНК
Анализа ДНК укључује различите врсте молекуларних експеримената и биолошких поступака. ДНК је крхка и компликована сировина, па је за руковање и анализу потребна најквалитетнија и најчишћа припрема хемикалија. У зависности од анализе, стотине хемикалија, од киселих и базичних раствора до пуфера и боја, су укључене у проучавање ДНК. Разумевање зашто се неке хемикалије користе је кључно за успешне експерименте и добијање тачних, поузданих и поновљивих резултата.
Етилендиаминтетраацетат за прочишћавање ДНК
За научни рад се пречишћавају три врсте ДНК: ДНК из генома (геномска ДНК), целокупна ДНК из ћелије (укупна ДНК) или из плазмида, који се могу самостално множити. Тотално пречишћавање ДНК ћелије користи хемикалије које омогућавају уништавање ћелија многих мембрана током лизе ћелије. Хемијски етилендиаминтетраацетат (ЕДТА) често се користи за одузимање магнезијумових јона који су потребни за одржавање крутости ћелијских зидова, што доводи до слабљења до тачке да се распадају или пукну, ослобађајући ћелијски садржај и ДНК на анализу. Поред тога, ЕДТА штити и чува интегритет ДНК инхибирањем ензима који су нормално присутни у ћелији, а који могу фрагментирати ДНК и учинити га неупотребљивим.
Магнеисум хлорид за појачавање ДНК
Верижна реакција полимеразе (ПЦР) је софистицирана метода анализе која се користи да би се ојачало неколико хиљада копија молекула ДНК, међутим, то је препун техничких проблема и нетачности. Стога многи научници рутински изводе неколико различитих скупова ПЦР-а како би пронашли најоптималније стање и параметре за одређени ген који вас занима. Једна хемикалија која се користи за спровођење такве оптимизације је магнезијум, који стабилише ензим ДНК полимеразу који се користи у ПЦР и делује као битан ко-фактор активности ензима. За ПЦР, магнезијум се користи у облику пуфера магнезијум-хлорида.
Етхидиум Бромиде за бојење ДНК
Етидијев бромид је бојило које се везује за ДНК тако што се убацује између нуклеотида који чине ДНК двоструку хеликсу у процесу познатом као интеркалација. Ова боја се затим може осветлити ултраљубичастом лампом, тако да се ДНК на коју се везује етидијев бромид може визуелизовати. Међутим, потребан је најмање 1 нанограм ДНК да би се Етидијев бромид могао правилно видети, дакле, то је један од начина детекције ДНК-амплиране ПЦР-ом. Иако је јефтин и широко коришћен, такође је мутагена хемијска супстанца за коју се зна да узрокује рак, па је његова употреба у лабораторијама високо регулисана и многи научници прелазе на коришћење мање токсичних алтернатива.